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蛋白降解靶向嵌合体 (Proteolysis Targeting Chimera, PROTAC),是一种新兴的治疗方式,它利用细胞的天然蛋白质降解机制,即泛素-蛋白酶体系统 (UPS) ,选择性地靶向降解疾病发病机制中的相关蛋白,从而可能调节传统小分子难以靶向的“不可成药”靶点。因此,PROTAC分子的概念自2001年首次报道以来,受到了学术界和工业界的广泛关注,经过PROTAC设计的多次创新和临床前模型的严格评估,首批PROTAC分子ARV-110、ARV-471于2019年进入临床研究。目前,全球共有近40个PROTAC分子已批准临床试验,涉及肿瘤和自身免疫疾病等适应症。其中,最前沿的PROTAC分子ARV-471于2022年底启动了临床III期试验。
泛素-蛋白酶体系统[1]
PROTAC介导的目标蛋白降解机制[1]
与传统文化的小大分子口服药物想必,PROTAC有几块意向的优缺点,包含:1) 传统小分子药物的研究通常集中在开发高亲和力抑制剂上,这些抑制剂通常靶向蛋白的活性位点,或者靶向蛋白的变构位点,以关闭POI的功能(“占位驱动”药理学)。然而,在许多情况下,小分子抑制剂需要和POI的天然底物竞争性结合,难以达到和维持有效抑制POI所必需的高局部药物浓度。PROTAC的做用缘由不是影响蛋白的功能,而是介导靶蛋清的降解塑料(“时间驱动器”药理学学),不需要强作用于活性位点,只需要介导POI与E3泛素接酶的简短相互之间角色,诱导性E3-化学降解剂-POI恩贝益结合物的确立,从而靶向一些传统上认为的“不可成药”靶点。
2) 传统小分子抑制剂必须保持其局部的高浓度才能发挥治疗作用,而长期、高剂量的药物暴露可能增加某些不良反应的风险,并引起累积毒性。而PROTAC“事情都可以”的反应基本模式,其反复的促使剂的作用工作能力使其都可以促使剂的作用另一个POI的可降解,因此能够在亚化学计量浓度下达到POI降解的目的,只需要比较低的剂量就能达到和保持其药效。此外,因为PROTAC促使然而不行逆地溶解至癌核蛋白,PROTAC具有更持久的治疗效果。
3) 持续使用小分子抑制剂治疗也可能诱导靶蛋白的突变及耐药性。是因为匆忙的靶核蛋白相处进而使POI挥发,PROTAC很可能性不太非常容易受warhead搭配人格魅力降底的甲基化的的影响,因此,PROTAC有可能克服此类小分子药物耐药性的问题。
PROTAC发展的关键进展时间表[2]
自2019年两种小分子PROTAC降解剂进入临床试验后,许多其他小分子PROTAC也陆续进入临床研究,主要用于肉瘤的治疗研究,此外还涉及免疫性宫颈炎症性慢性病、精神退行性慢性病等适应环境症。截至目前,国内外共有近40个PROTACs已进入了临床研究阶段,实验较多的靶点属于AR、ER、BTK、EGFR、IRAK4等。然而,尽管有很好的临床前研究成果,很大一部分PROTAC在推进人体临床试验过程中也遇到了挑战,目前还没有PROTAC获批上市。
1) 经典的的“不成药”靶点。传统上“不可成药”靶点,如KRAS、信号传导及转录激活蛋白3 (STAT3) 等,已有报道成功地使用蛋白降解剂进行了降解。
2) 抗药突变率靶点。肿瘤靶向治疗的耐药性通常是由于突变导致的,这些突变或者损害了传统小分子抑制剂与靶蛋白的结合和/或导致靶蛋白的过度表达(原则3),以至于药物不能再获得足够的疗效。PROTAC可以成功地靶向这类靶蛋白,如BTK的C481S突变,BTK中的C481S突变阻止了临床上BTK抑制剂的共价结合活性,但这些抑制剂的弱非共价结合亲和力足以衍生为活性PROTAC。
3) 什么是基因扩张和/或蛋白质过抒发。如转移性去势抵抗性前列腺癌 (mCRPC) 对雄激素受体 (AR) 的持续依赖,由抗雄激素治疗的突变和过表达驱动,再加上该靶点已知的临床有效性,因此,临床研究中的PROTAC很多选择AR作为靶点。
4) 存在不同于异构表皮达或位置的靶点。由于蛋白家族中异构体结合位点的高度同源性,用小分子抑制剂实现异构体选择性具有一定的挑战性,而研究发现即使选择非选择性靶蛋白结合配体设计的PROTAC,也可能表现出异构体的特异性降解,例如从双重CDK4/6抑制剂中开发出选择性CDK4或CDK6降解剂。
5) 移动脚手架核蛋白。脚手架蛋白通过招募其他蛋白形成复合物而转导信号,而不是通过自身的催化活性来发挥其功能,因此很难用传统的小分子直接靶向。然而,这类蛋白可以用蛋白降解剂靶向。
6) 蛋白质集结。蛋白质聚集与神经退行性疾病有关,包括阿尔茨海默病和帕金森病,蛋白降解方法也正在这一领域进行探索。
因为设计可行的PROTAC,主要是要抉择对E3接触方式酶都具有任何结合实际感染力的E3配体,还有就是再不后果其泛素化活性酶类的状态下招募令工作关注的E3接触方式酶,不过那样E3配体的适用性是有效的。在人类基因组中编码了600多种E3连接酶,迄今为止只有大约10种E3连接酶被成功用于靶向蛋白降解。
日前,靶向疗法球蛋白酶酶吸附塑料剂很广动用的多种E3对接酶是 von Hippel-Lindau (VHL) 和cereblon (CRBN) ,主要愿意包涵:先是,VHL和CRBN不错动用目前拥有的、特别容易拿到的小分子式融入配体,且更具合适Linker对接的节构位点;2,VHL和CRBN不错机灵安全稳定地吸附塑料不同靶球蛋白酶酶;再者,VHL和CRBN的展示相对而言重视,才可以改变高品质的模式性球蛋白酶酶吸附塑料。常用的基于沙利度胺的CRBN配体和可能的Linker连接方式[3]
常用的VHL配体和可能的Linker连接方式 [3]
拿来CRBN和VHL外,各种最常见的E3配体还也包括IAP及MDM2,E3接连酶的新配体的遇到和激发也无法开展中,如RNF4、RNF114、DCAF16、KEAP1、DCAF11和FEM1B等。考虑到要加划分的体系性靶血清溶解或许影响不容接收的致癌性和相对于闭塞的开展系数,聚集化特女性朋友或肉瘤特女性朋友E3接连酶的配体激发由于越发就越的的关注。实现靶向药物肉瘤特女性朋友E3接连酶,特女性朋友地溶解肉瘤聚集化中有关的血清,标准上可以的提升PROTAC的免疫原性性。POI配体的选择对于PROTAC的成功设计也是至关重要的。一般而言,选POI配体的容剂暴晒区域环境当作Linker联接位点,以不应抑制Linker和E3配体对PROTAC-POI整合的要素。
PROTAC的设计可利用已报道的靶蛋白结合配体,这些配体最初被设计为靶蛋白抑制剂。随着对新的靶蛋白降解的探索,特别是传统的“不可成药”靶点,识别新的靶点-蛋白结合配体的需求增加。DNA商品编号库 (DEL) 能力一种能用的蛋白质生物降解剂的配体评定和激发的的办法,DEL技术筛选的原理中,配体结合位点和蛋白功能活性无关,且在没有更多的结构支持的情况下,能够提供一种潜在的Linker连接位点(即DNA条码标记位点)。DEL技术在发现新的分子胶降解剂、E3连接酶配体等方面也有潜在的用途。
靶蛋白与E3连接酶配体之间使用的Linker类型和长度是至关重要的,大部分选用其他时间的烷基或聚乙二醇 (PEG) Linker,以确定好靶球蛋白和E3接触酶中间的更优空距。由于蛋白之间的空间位阻,Linker太短会阻止高效三元复合物的形成;太长的Linker可能会使三元复合物失去蛋白降解活性。在某些情况下,Linker在三元复合物中不只起到连接作用,还可以与蛋白表面形成接触。
一些研究已经证明,Linker的构象管束可能凭借降低独立度或确定微生物活力性构象来进几步提高自己活力性。构象限制性Linker已被开发用于系列SMARCA2/4降解剂、AR降解剂、及ER降解剂ARV-471等。此外,还可通过Linker的结构设计,来调节PROTAC的药代动力学性质。
1) 由于E3泛素连接酶在正常组织和疾病部位的非选择性表达,使得PROTAC的脱靶活力性,从而可能引起副作用的发生。
2) PROTAC分子量(>800 Da)相比于传统小分子药物要更大,通常水溶性较差,往往导致较低的生物体运用度。
3) PROTAC的高正负外表面控制了分子结构的渗透法性,极大地阻碍了PROTAC分子透过细胞膜和生理屏障。
4) 细胞内较高浓度的PROTAC倾向性于建成POI-光降解剂的二元混合物,而不是形成三元复合物,产生Hook效应,从而降低靶蛋白的降解活性,并阻碍了其体内剂量的合理设计。
PROTAC的主要局限性 [4]
虽然通过结构修饰有望克服PROTAC的某些限制,但同时优化其理化性质以能够有效地在体内应用,这是一个巨大的挑战。新一代PROTAC的设计可能解决这些难题,而不是仅仅依赖于过度的化学优化。例如新第二代PROTAC在当前集体因为外源性或内源性刺击后,还原POI光降解的功效,而在另外集体要保持无亲水性壮态,而使即将达成高强度靶向疗法疗法,减掉副意义。
例如:
(1) 点击释放性PROTAC (Click-release PROTAC)
(2) 酶响应性PROTAC (Enzyme-responsive PROTAC)
(3) 谷胱甘肽响应性PROTAC (GSH-responsive PROTAC)
(4) 低氧响应性PROTAC (Hypoxia-responsive PROTAC)
(5) 光激活性PROTAC (Photo-activatable PROTAC)
(6) 辐射响应性PROTAC (Radiation-responsive PROTAC)
(7) 活性氧响应性PROTAC (ROS-responsive PROTAC) 等
❖ 超链接尽情释放性PROTAC的建设 ,有望克服传统PROTAC分子量较大的限制,然而,因为每个前体分子表现出不同的PK性质,可以考量这种前体的身体之外响应亲水性和好的氧分子比重。
❖ 光缴活性PROTAC的一个主要限制因素是紫外光缺乏足够的组织穿透能力,这阻碍了这些光激活PROTAC前药的开发和应用。为了解决这个问题,科研人员探索开发了一种在实际良性肿瘤中修改密码PROTAC前药的重复使用战略,充分利用内源性优点,如缺养、GSH和ROS等情况变高来修改密码PROTAC,以体现精确的血清挥发。
也许这样步骤极具更大制作升值空间,但在PROTAC前药制作中都要制作格外的死机部份,难以以防地造成 PROTAC原子量的加强,这也许会给他们的成药理作用引致新的挑战赛。新一代PROTAC设计中使用的策略[4]
然而,设计有效的配体修饰PROTAC前药需要仔细考虑几个因素:
❖ 选择合适的配体,对其靶受体表现出高亲和力和选择性,是实现最佳治疗效果的关键;
❖ 确保循环稳定性,防止在到达病变组织之前过早降解或丧失活性;
❖ 合理的配体设计,促进有效释放活性PROTAC内化到癌细胞。
总之,需要仔细控制释放的时间和程度,以最大限度地提高治疗效果,同时尽量减少潜在的不良反应。
❖ 确保药物递送系统中使用的载体材料的生物相容性,应仔细评估和选择在体内使用安全且不会引起不良反应或毒性的材料, 在优化效果的同时确保其副作用在可接受的范围内;
❖ 另一个重要的考虑因素是质量控制的可靠性,由于这些递送系统涉及复杂的配方和工艺,因此在整个生产过程中建立健全的质量控制措施至关重要;
❖ 额外的载体材料和药用辅料可能会增加PROTAC的生产成本,应评估生产工艺的放大可行性和成本效益,以确保有效的大规模生产而不影响产品质量。
[1] Brandon Dale et al. Advancing targeted protein degradation for cancer therapy. Nat. Rev. Cancer 2021, 21(10): 638-654.
[2] Miklós Békés et al. PROTAC targeted protein degraders: the past is prologue. Nat. Rev. Drug Discov.2022, 21(3): 181-200.
[3] Aleša Bricelj et al. E3 Ligase Ligands in Successful PROTACs: An Overview of Syntheses and Linker Attachment Points. Front. Chem. 2021, 9: 707317.
[4] Chao Wang et al. New-generation advanced PROTACs as potential therapeutic agents in cancer therapy. Mol. Cancer 2024, 23(1): 110.
[5] Deborah Chirnomas et al. Protein degraders enter the clinic-a new approach to cancer therapy. Nat. Rev. Clin. Oncol. 2023, 20(4): 265-278.
美迪西PROTAC药物研发服务平台汇总了当前流行的热门的靶标蛋白配体;建立了广泛的热门靶向蛋白高度亲和力小分子及小分子片段化合物库,广泛的E3连接酶高度亲和力的小分子及小分子片段;建立了PROTAC Linker库。这些积累的化合物库可以帮助客户快速高效地合成大量高活性PROTAC分子,极大地提高采用PROTAC技术进行的药物研发过程。除了快速合成之外,美迪西可以为客户提供PROTAC体内外药效评价、药代动力学研究和安全性评价等服务。
截至2024年6月底,美迪西已成功助力6个PROTAC药物获批临床,另外有20+PROTAC项目在研。
雄激素受体PROTAC降解剂的体外血浆稳定性研究
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